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因为有时候鲸鱼声纳信号会扰乱鲸鱼的超声波定位系统，鲸鱼会失去对自身方位的判断，从而浮出水面，这时候鲸鱼就会因为生理原因而死亡。曾经有过一起大型事件?搁浅死亡鲸鱼被割肉?受到了全国媒体的广泛关注，经常会在太平洋的东西海岸发现鲸鱼搁浅死亡，数量之多，所以看过去好像是鲸鱼在集体?自杀?。
之后研究表明导致鲸鱼?自杀?的原因就是声纳。鲸鱼是依靠天生的回声定位功能来判断方位。它们可以发出超声波，当超超声波在遇到障碍物的时候就会立即反射回来，从而鲸鱼根据这种超声波来断定自己的方位。声纳信号是会影响到鲸鱼的超声波定位系统，让鲸鱼无法判断自身方位，使得鲸鱼迅速浮出水面。
鲸鱼在浮出水面之后，残留在鲸鱼体内的惰性气体没有办法通过血液循环运输到体外，因此鲸鱼会出现身体不适或者是急性障碍。若是留在体内的惰性气体所形成的气泡压迫了鲸鱼的神经，那么鲸鱼的毛细血管就会造成堵塞，最后导致鲸鱼的肌肉缺氧。
所以环境组织一直认为鲸鱼的致命危险就是声纳。声纳影响到鲸鱼的定位系统，让鲸鱼因为无法快速判断自身定位而选择浮出水面。所以我们就会看到在退潮之后，沙滩上出现大量死亡的鲸鱼。因此为了保护鲸鱼，现在很多海洋都禁止使用声纳，让鲸鱼拥有一个安全的海洋环境。 ?
鲸鱼为什么会搁浅乃至自杀，对其原因众说纷纭，但各种说法大多与它的回声定位系统有关。
同海豚相似，鲸辨别方向并不是靠它的眼睛。鲸的眼睛与它的身体是极不相称的，一条巨鲸的眼睛只有一个小西瓜那样大，而且视力极度退化，一般只能看到17米以内的物体。一条巨大的鲸还不能看到自己的身体那么远。那鲸又依靠什么来测物、觅食和导航呢？原来，鲸具有一种天赋的高灵敏度的回声测距本领。它们能发射出频率范围极广的超声波，这种超声波遇到障碍物即反射回来，形成回声。鲸就根据这种超声波的往返时间来准确地判断自己与障碍物的距离，定位的误差一般很小。
对鲸鱼搁浅“自杀”现象有一种说法是：鲸鱼为了追食鱼群而游进海湾，当鲸鱼游近海边，向着有较大斜坡的海滩发射超声波时，回声往往误差很大，甚至完全接受不到回声，鲸鱼因此迷失方向，从而酿成丧身之祸。
环境污染也曾被认为是造成鲸鱼搁浅的原因。因为那些使海水污染的化学物质，可能扰乱了鲸鱼的感觉。
法国拉罗谢尔海洋哺乳类动物研究中心的副主任科列德博士认为，每条健康的鲸鱼都拥有能在海洋深处定向、定标的发达的定位系统，而军舰声呐和回声控测仪所发出的声波及水下爆炸的噪音，会使鲸鱼的回声定位系统发生紊乱，这是导致鲸鱼集体冲上海滩自杀的主要原因。
另一些科学家通过对数条冲进海滩搁浅自杀的鲸鱼解剖后发现，绝大多数死鲸的气腔两面红肿病变，因此认为，导致鲸鱼搁浅的原因可能是由于其定位系统发生病变，使它丧失了定向、定位的能力。由于鲸鱼是恋群动物，如果有一条鲸鱼冲进海滩而搁浅，那么其余的就会奋不顾身地跟上去，以致接二连三地搁浅，形成集体自杀的惨剧。
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